Протоколы TCP/IP лежат в основе Интернет, но их использование этим не ограничивается. TCP/IP стал излюбленным семейством протоколов в компаниях, предпочитающих открытые системы. С ростом популярности Интернет крупные компании начали создавать свои интрасети (intranets), то есть сети, использующие TCP/ IP для обмена информацией только в пределах фирмы. Использование Web совместно с сетями TCP/IP позволяет компаниям без особых затруднений поддерживать единый интерфейс пользователя в разных приложениях, а также упрощает распространение нового клиентского программного обеспечения. Фирмы, которым необходимо делиться информацией с деловыми партнерами или заказчиками, часто организуют общую базу данных и объединяют интрасети на основе TCP/IP, в результате чего образуются так называемые общие сети, или экстрасети (extranets). Таким образом происходит соединение интрасети, Интернет и экстрасети. Основное различие между этими сетями заключается в управлении доступом к информации и в том, как происходит обмен данными. Существуют и другие сетевые технологии, не связанные с Интернет, но имеющие большое значение для электронной коммерции. К ним относятся и VAN-сети (value added networks) — частные сети, предназначенные для реализации EDI между деловыми партнерами. Крупные корпорации часто содержат собственные частные сети и при необходимости открывают их деловым партнерам для обмена информацией Банки и клиринговые центры, обслуживающие кредитные карты, также содержат частные сети для перевода денежных средств при расчетах с деловыми партнерами.
Из-за возрастающего влияния Интернет сетевая структура постепенно изменяется. Предприниматели ищут способы проведения финансовых транзакций по открытым сетям, образующим Интернет, исследуют возможности проводить по Интернет EDI-транзакции, чтобы существенно снизить свои затраты. Многие крупные компании также экспериментируют с организацией собственных корпоративных сетей в виде виртуальных частных сетей (virtual private network, VPN) в Интернет. В этом они видят альтернативу дорогостоящим выделенным телефонным линиям, соединяющим офисы.