Пакет fontenc предназначен для указания внутренней кодировки шрифта TeX, которую надлежит использовать при компиляции документа, и загружается строкой вида
\usepackage[(список кодировок)]{fontenc}
«Переходником» к загрузке данного пакета в LyX служит параметр \font_encoding, который можно задать либо вручную в конфигурационном файле, либо через поле «TeX encoding», расположенное в диалоге «Preferences…» (вкладка «Outputs», на ней вкладка «Другие»). Любопытно, что создатели LyX не только вынесли сей параметр в глобальные настройки программы (полагая, очевидно, что у пользователя не возникнет потребности в его частом изменении), но и «спрятали» его на вкладке, не имеющей отношения к установкам языкового окружения. По умолчанию предлагается использовать кодировку T1, которая ныне является стандартом для языков Западной Европы. Можно (но не рекомендуется) установить \font_encoding в «default» – в этом случае пакет fontenc не загрузится вообще, и LaTeX будет использовать устаревшую 7-битную кодировку OT1. Существования кириллических кодировок авторы не предусмотрели, однако использовать их не составит труда, поскольку сам LyX не интересуется значением \font_encoding, а только передает его пакету fontenc.
Возможно, у читателя возникнет недоумение: зачем понадобилось создавать специальные кодировки для TeX, когда изобилие существующих кодовых страниц и так служит источником неразберихи. Дело заключается в том, что система TeX по традиции предъявляет определенные требования к своим шрифтам. Например, в них должны быть латинские лигатуры и полный набор акцентов-модификаторов, причем всё это хозяйство обычно размещается в таблице символов в диапазоне 0–32 (на использование данной области в TeX не существует запрета, поскольку нет и потребности в управляющих кодах). Есть свои предпочтения по отношению к типографским символам: некоторые из них непременно должны присутствовать в таблице, другие же выносятся в специальные символьные шрифты. Освободившееся место используется для дополнительных букв, в результате чего, например, кодировка T1, хотя она и основана на западноевропейской кодовой странице iso-8859-1, фактически включает также и символы центральноевропейского набора.