Пакет inputenc служит для указания кодовой страницы исходного файла и загружается командой
\usepackage[(список кодировок)]{inputenc}
Нечего и говорить, сколь важен данный пакет для русскоязычных пользователей: именно он (в паре с fontenc) дает возможность одинаково успешно пропускать через компилятор LaTeX файлы, подготовленные в различных операционных системах и при различных установках кодовой страницы.
В отличие от внутренней кодировки TeX, кодировка исходного файла задается в LyX для каждого документа отдельно. Для этой цели нужно открыть вкладку «Язык» диалогового окна «Формат документа». На ней обнаруживаем раскрывающийся список «Language» (естественно, надо убедиться, что его значение выставлено правильно, иначе дальнейшее не имеет смысла). Ну а чуть ниже как раз и расположен другой список, под названием «Кодировка». В общем-то, на его содержание грех жаловаться (налицо все кодировки кириллицы), однако же нельзя не удивиться тому, что данный список жестко задан в ресурсах соответствующего диалога, и, соответственно, способа пополнить его не существует. Ведь со стороны авторов по меньшей мере наивно было бы предполагать, что они в состоянии предусмотреть все кодовые страницы, с которыми могут пожелать работать пользователи.
С другой стороны, понятно, почему названия кодировок нельзя было взять из системы. Дело в том, что опции пакета inputenc суть не что иное, как названия совершенно определенных файлов (они имеют расширение .def), которые должны подчиняться соглашению 8.3 ради сохранения совместимости с версиями TeX для других платформ. Поэтому длинные имена вроде «microsoft-cp1251.def» (и даже «iso-8859-5.def») были бы здесь неприемлемы. Однако же следовало хотя бы предоставить пользователю возможность ввести требуемое имя кодировки вручную.
Впрочем, вместо явного задания входной кодировки можно выбрать в списке опцию «auto» (а именно она выставлена там по умолчанию). Тогда LyX сам подберет кодировку, исходя из выбранного языка документа и руководствуясь при этом своей базой данных, которая хранится в файле languages в его программном каталоге. Только следует иметь в виду, что при использовании «автоматического» режима LyX загрузит соответствующие входные кодировки не только для основного языка документа, но и вообще для всех языков, встретившихся в нем. И, соответственно, входная кодировка будет динамически переключаться в разных местах на протяжении документа. Пользы от этого, впрочем, мало по уже упомянутой причине: нет возможности заодно менять и кодовую страницу экранного шрифта. Если же вы всё-таки хотите воспользоваться этой возможностью, то файл languages придется предварительно отредактировать, поскольку кодировки в нем по необъяснимой причине приведены под общепринятыми именами, а не под «псевдонимами», понятными LaTeX. В противном случае компилятор сможет нормально воспринимать чисто русские документы в koi8-r, но непременно споткнется на названиях латинских кодовых страниц серии iso-8859.